بررسي مولكولي ژن‌هاي الستاز (lasB gene) Bدر باكتري سودوموناس آئروژينوزا و ژن مالات دهيدروژناز (mdh gene) در باكتري اشرشياكولي عامل آلودگي آب چاه كارخانه‌هاي جنوب غرب

كارشناسي ارشد

زيست شناسي

تهران شرق

1403

تاريخ ثبت در تهران شرق سه شنبه 23/11/1403

صحافي شده ندارد

عليرضا احمدي

دانشگاه پيام نور مركز تهران شرق

يكي از منابع مهم براي تامين آب براي مردم جهان آب‌هاي زيرزميني است و آلودگي اين آب‌ها تاثير زيادي بر كيفيت زندگي انسان‌ها و ديگر موجودات روي زمين خواهد داشت.آب ها راهي براي انتقال باكتري‌ها، انگل‌ها و ويروس‌ها هستند و مي¬توانند باعث انتقال بيماري شوند. منابع مختلف آبي به‌واسطه‌ي روش‌هاي مختلفي مي‌توانند آلوده شوند كه مهم¬ترين عامل آن¬ها پساب¬ها هستند. راه انتقال ويروس¬ها به بدن موجودات زنده و از جمله انسان و گياهان از جمله سبزيجات خوراكي از طريق آب هاي آلوده مي‌باشد. براي اولين بار در اين پژوهش بررسي مولكولي ژن‌هاي الستازB (las B gene) در باكتري سودوموناس آئروژينوزا،) Pseudomonas aeruginosa (و ژن مالات دهيدروژناز (mdh gene) در باكتري اشرشياكلي( Esherichia coli) عامل آلودگي آب چاه كارخانه‌هاي جنوب غرب تهران، صورت گرفت. 50 نمونه آب چاه از كارخانه‌هاي جنوب غرب تهران جمع‌آوري شد. و به آزمايشگاه بيو مديكال دانشگاه الزهرا منتقل گرديد سپس ازنمونه هاي آب باكتري هاي بيماري زاي اشرشيا كلي (Esherichia coli)و سودوموناس آئروژينوزا(Pseudomonas aeruginosa) جداسازي و شناسايي شد. همچنين پس از استخراجDNA از باكتري ها،با كمك پرايمرهاي اختصاصي ژن هاي mdhوLasB ، PCR انجام شد، توالي يابي محصول PCRتوسط شركت ميكروسينس (Microsynth) سوئيس صورت گرفت سپس توسط برنامه Chromas Lite توالي ها در قالب FASTA استخراج گرديد و با اطلاعات موجود در پايگاه اطلاعاتي NCBI توسط برنامه BLAST مقايسه شد. هم رديف سازي توالي در بانك ژن NCBI انجام شد. تصوير گرافيكي حاصل از BLAST توالي ها و درخت فيلوژنتيكي آن ها ترسيم گرديد و قرابت ژنتيكي آن ها بررسي شد. با استفاده از بانك هاي اطلاعاتي پروتئيني (EBI و Expasy) ، نتايج توالي يابي به آمينواسيد ترجمه و ساختار سه بعدي ، دومين و ساختار ثانويه و تخميني پروتئين از هر نمونه توسط برنامه Phyre2 تعيين گرديد .نتايج به‌دست آمده نشان داد كه احتمال شناسايي باكتري اشرشياكلي (Esherichia coli) و سودوموناس آئروژينوزا(Pseudomonas aeruginosa) به¬دليل حساسيت بالاي آزمايش با روش PCR، در مقايسه با روش كشت بيشتر است. رسيدن به نتيجه‌ي دلخواه در زمان بسيار كوتاه از مزاياي استفاده از روش PCR است. امكان تشخيص وجود باكتري و يا عدم حضور باكتري در آب با اين روش وجود دارد و با يك روش تكميلي همراه با اين روش مي‌توان حضور يا عدم حضور باكتري را مشخص نمود. آناليز مولكولي ژنmdh نشان مي دهد توالي اين ژن90/96% همانندي با توالي نمونه از كشور بريتانيا با M24777 :Accision number Gene bank دارد و شامل ششصدوبيست وسه نوكلئوتيد مي باشد و به دويست و هفت اسيد آمينه ترجمه گرديد ساختار سه بعدي پروتئيني اين ژن داراي بيست و يك درصد آلفا هليكس و پانزده درصد بتا استرند مي باشد نتايج حاصل از انطباق توالي نوكلئوتيدي ژن mdhبا اطلاعات موجود در پايگاه اطلاعاتي NCBI حاكي از آن است كه توالي ژن mdh با توالي E. coli mdh encoding malate dehydrogenase comp1ete cds بيشترين قرابت ژنتيكي را دارد. در آناليز مولكولي ژن LasB توالي اين ژن 45/95% شباهت با توالي نمونه كشور آمريكا به شمارهC145113: Gene bank دارد. و شامل هفتصد و بيست و يك نوكلئوتيد بود و به دويست و چهل اسيد آمينه ترجمه گرديد ساختار سه بعدي پروتئيني اين ژن داراي شانزده درصد ساختارآلفا هليكس و سه درصد بتا استرند است. نتايج حاصل از انطباق توالي نوكلئوتيدي ژن mdhبا اطلاعات موجود در پايگاه اطلاعاتي NCBI حاكي از آن است كه توالي ژن mdh با توالي Pseudomonas sp. LS.1a chromosome, complete genome بيشترين نزديكي ژنتيكي را دارد. نتايج بررسي ها در نمونه هاي مورد مطالعه از شهر تهران و نمونه هاي كشورهاي آمريكا , بريتانيا چين و هنگ كنك حاكي از ايجاد پلي مورفيسم در اين ژن ها مي باشد.

77321